纵观妙西 ，历史源远流长；上溯至秦代 ，妙西集镇乃山货集市，后湖州地区改菰城县为乌程县，妙西隶属乌程管辖；西汉初年湖州地区属于吴王刘濞的封地；东汉时设立吴兴郡 ，始有“吴兴 ”之名；隋开皇九年（589）灭陈 ，废吴兴郡，将乌程、武康 、长城合置湖州 ，始有“湖州 ”之称；隋大业四年（608） ，复为吴兴郡 、乌程为郡治，管辖乌程、归安、长兴 、德清 、武康、安吉6县 ，妙西隶属不变。
唐高祖武德四年（621）改吴兴郡为湖州 ，治乌程等县 。妙西时称妙西市，隶属乌程县 。
宋 、元时属乌程县澄静乡。
明成化八年（1472）行区都里制 ，乌程县划为23区8界53都283里。妙西镇域隶属乌程县三区十二都 。
清雍正七年（1729）实行顺庄法后 ，妙西隶属依旧 。
民国元年（1912）一月二十二日，并程 、安两县为吴兴县 ，妙西为西南乡 ，区域不变。
民国十八年（1929）撤乡设区，实行区制及街村制，妙西隶吴兴县第九区 。
民国二十四年（1935）吴兴裁撤区公所 ，翌年扩并乡镇 ，编组保甲 。全县划为五个督导区，妙西隶吴兴县第五督导区妙善乡 ，现南埠片为罗和乡。民国二十八年（1939）十一月 ，国民吴兴县政府依照省颁设署法，划分全县为六区 ，各设区署 。妙西初称第一区 ，今妙西镇域隶属妙西区 。妙西区时辖埭溪镇、景秀乡 、南路乡及梅峰乡。
民国三十五年（1946），抗战胜利后 ，国民吴兴县政府奉令二次扩并乡镇 。今镇域并为妙和 、康静两乡 。
1949年5月 ，妙西解放。妙西区人民政府成立，下辖妙和、菁山 、云巢 、下昂、康静 、弁南六乡镇 。今妙西 、南埠两地建立妙和镇、隶属吴兴县管辖 。
1950年3月 ，妙和镇划出部分村 ，建立南埠乡；同年5月，妙和镇改建为妙和乡。
1956年4月，妙和、南埠两乡（包括菁山一部分）合并为妙西乡 ，辖22个行政村。
1958年10月 ，妙西 、云巢两乡合并成立“云巢人民公社” 。妙西 、南埠均属云巢人民公社所辖的两个管理区 。
1961年5月，云巢人民公社规模调整 ，改辖区从云巢人民公社分出 ，建立妙西人民公社和南埠人民公社。属吴兴区管辖 。
1968年8月（文化大革命期间），妙西、南埠改建为妙西公社革命委员会和南埠公社革命委员会 。农村大队和部分自然村同时更名。
1983年7月 ，撤嘉兴地区乡镇公署 ，分建湖州 、嘉兴两省辖市 。湖州市建城郊两区，下辖两区及长兴 、安吉、德清三县 ，妙西 、南埠两乡隶属郊区人民政府管辖 。
1993年10月 ，湖州事撤销了城区（下辖环城分区） 、郊区（下辖南浔分区、菱湖分区 、练市分区 、织里分区、双林分区 、埭溪分区），建立城区 、南浔、菱湖三个大区 ，妙西镇（包括妙西、南埠两乡）属城区管理委员会管辖。
2001年6月 ，据市府（2001）101号通知转发省改委浙政函（2001）104号文件精神，妙西 、南埠两乡合并为妙西镇 。
2002年春，据市 、区扩并行政村文件精神 ，原22个行政村并未18个 。
2003年1月10号 ，根据国务院和省政府文件精神，撤市郊城区、菱湖区 、南浔区三区 、设立吴兴、南浔两市辖区。妙西镇隶属吴兴区 。
2005年5月 ，妙西镇所辖的东山村 、沙家浜村 、基山村划归湖州杨家埠镇代为管理 。