小规模纳税人二手车增值税税率是3%。
二手车发票小规模纳税人增值税率是3% ，一般纳税人增值税率16% 。在计算具体应纳税额时还需要减去应当扣除减免项目的税款 。
小规模纳税人 ，是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全 ，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人。增值税对小规模纳税人采用简易征收办法 ，对小规模纳税人适用的税率称为征收率 。
小规模纳税人销售二手车如果不申请优惠的话，增值税率是3% ，如果申报优惠备案 ，经税务局批准后，增值税率按3%减按2%处理；销售二手车主要涉及按适用税率征收增值税 、按4%征收率减半征收增值税 、减按2%的征收率征收增值税、免征增值税等几种情形：
一般纳税人购买二手车的增值税计算公式为：
1 、购置价款/（1+税率）*税率=应纳税额；
2 、小规模纳税人购买二手车的增值税计算公式为：购置价款/（1+税率）*税率/（1-适用税率）=应纳税额 。即一般纳税人是直接除以税率计算出的税额，而小规模纳税人则要先除以税率 ，再减去适用税率 ，才得出最终税额。
小规模纳税人可以享受低税率优惠 。一般来说，小规模纳税人享受的优惠税率是5%、10%或者17% ，这些都取决于纳税人在不同时期所处的税率档次 。
二手车交易注意事项具体如下：
1 、申请车主与原登记车主印章不相符的；
2 、未经批准擅自改装、改型及变更载货重量、乘员人数的；
3 、违章未处理 、肇事未结案或公安机关对车辆有质疑的；
4、达到报废年限的（对已达到报废使用年限 ，但车辆技术状况较好，使用性质为自用的汽车 ，经特殊检验合格后 ，在达到报废使用年限后两年内，准予申办过户登记 ，但不准转籍）；
5 、未参加定期检验或检验不合格的；
6 、新车入户不足三个月的（进口汽车初次登记后不满两年的 ，但法院判决的除外）；
7、人民法院通知冻结或抵押未满的；
8 、属控购车辆无《申报牌照证明章》的；
9 、进口汽车属海关监管期内，未解除监管的。
二手车交易税费 ，如何交税费具体如下；
1、有关部门对旧机动车增值税做了新的规定：纳税人销售自己使用过的属于应征消费税的机动车 、摩托车 、游艇 ，售价超过原值的，按照4%的征收率减半征收增值税；售价未超过原值的，免征增值税。旧机动车经营单位销售旧机动车、摩托车 、游艇 ，按照4%的征收率减半征收增值税；
2 、车辆购置税完税凭证 ，缴税范围包含购买、进口、自产 、受赠 、获奖或者其他方式取得并自用的应税车辆，大家在购买二手车的时候千万注意 ，这些形式下获得的车辆都应该具有完税凭证；
3、车船使用税凭证 ，作为大家耳熟能详的税种，不过多赘述；
4 、公路养路费凭证 ，不过随着我国成品油机制的不断改进 ，该项费用已经并入燃油附加费；
5 、车辆的保险单，是指保险公司为该车提供的保险凭证单据 。
小规模的认定标准具体如下：
1、从事货物生产或者提供应税劳务的纳税人 ，以及以从事货物生产或者提供应税劳务为主 ，并兼营货物批发或者零售的纳税人，年应征增值税销售额（以下简称应税销售额）在50万元以下（含本数 ，下同）的；“以从事货物生产或者提供应税劳务为主”是指纳税人的年货物生产或提供应税劳务的销售额占全年应税销售额的比重在50%以上；
2 、对上述规定以外的纳税人 ，年应税销售额在80万元以下的；
3 、年应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人按小规模纳税人纳税；
4、非企业性单位 、不经常发生应税行为的企业可选择按小规模纳税人纳税 。
综上所述，增值税的纳税期限分别为1日 、3日、5日 、10日 、15日、1个月或者1个季度。纳税人的具体纳税期限，由主管税务机关根据纳税人应纳税额的大小分别核定；不能按照固定期限纳税的 ，可以按次纳税 。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条
增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务 、有形动产租赁服务或者进口货物 ，除本条第二项 、第四项、第五项另有规定外，税率为17% 。
（二）纳税人销售交通运输 、邮政 、基础电信、建筑 、不动产租赁服务 ，销售不动产 ，转让土地使用权，销售或者进口下列货物 ，税率为11%：
粮食等农产品 、食用植物油、食用盐；
自来水 、暖气 、冷气、热水 、煤气 、石油液化气、天然气、二甲醚 、沼气 、居民用煤炭制品；
图书、报纸 、杂志 、音像制品、电子出版物；
饲料 、化肥 、农药、农机 、农膜；
国务院规定的其他货物。
（三）纳税人销售服务 、无形资产 ，除本条第一项、第二项 、第五项另有规定外，税率为6% 。
（四）纳税人出口货物 ，税率为零；但是 ，国务院另有规定的除外 。
（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务 、无形资产，税率为零。
税率的调整 ，由国务院决定 。