与常规动力相比，核动力船舶劣势主要有以下几点：一，造价昂贵 ，主要是反应堆的成本 ，建造一艘核动力运输船的成本是同等类型的常规动力货轮的几倍；二，运营成本高 ，核动力船舶运营所需的人员数量和素质都要比常规动力船舶高得多 ，除普通船员外，每艘核动力运输船还需要一支操作和维护核反应堆的高技术人员 ，同时在核环境下船员的工资也要高于常规动力船舶。另外 ，核动力船舶的设施保障也比常规动力船舶严格得多，这些都会提高核动力运输船全寿命成本；三 ，船体结构不适合做为运输船 ，核动力船舶需要在船身中部安装体积巨大的核反应堆，会将船身分成前后两个部分 ，无法形成常规动力运输船那样通透的货仓 ，同时核动力船舶动力系统的重量也远大于常规动力舰舶，这严重影响了核动力船舶的运载能力，以美国核动力商船“萨凡纳”号为例 ，满载排水量22000吨 ，最大载重只有9500吨，而与其相近的常规动力货轮大载重可达20000吨（“萨凡纳”号为客货两用船 ，除载货物外 ，还可载客60人）。
因为核动力货船的建造成本太过于昂贵，但经济效益并没有提升多少 。建造核动力货船的好处就在于货船添加一次核燃料 ，就能一直运行好几年 ，这样可以大大减少了燃料的支出费用 。但随之而来的就是核动力货船的维护费用会大大提高，包括货船的核动力装置 ，这样往往会花掉几千万美元。
并且 ，核动力装置所占用的货船空间十分巨大，这样也会间接地减少货物的装载空间 ，使得货船的经济效益减少 。此外 ，核动力货船还具有危险性，自美国使用原子弹第一次在日本实践之后，在世界上一些国家又发生了一些核电站泄漏的事故 ，导致很多人对于核能是爱之 ，而又恨之 。
而对于货船来讲，它是运送货物的 ，船上的人类使用的任何物资都有可能出现 ，万一“被 ”核辐射，那后果将非常严重。因此 ，在使用核动力货船时 ，每年还需要额外缴纳一笔几百万美元的安全费用 。但还是有国家造出了世界上第一艘商用核动力船 ”萨凡纳“号，建造于1958年的美国 ，于1963年5月投入使用 。这艘货船的排水量为21000吨 ，汽轮机的额定功率为16MW，速度为20节 ，装一次燃料 ，就可以航行300万海里，等同于绕地球138圈。
但显而易见的它的运营维护成本过高，一般的20000吨普通货船所需船员也就20个人左右 ，而“萨凡纳”核动力货船需要120多船员才能够运转开 。再加上核动力的特殊性 ，更换燃料，维修等 ，所需的费用都高过了普通货船 。这也是普通货船不敢用核动力的原因。